Już w XIX w. Sejny były ważnym ośrodkiem szkolnictwa.

Istniało tu gimnazjum wojewódzkie, a w okresie międzywojennym prywatne Gimnazjum Ogólnokształcące Kurii Biskupiej w Łomży im. Św. Kazimierza, zlokalizowane w pomieszczeniach klasztornych. W 1945 r. zostało reaktywowane jako państwowe Liceum Ogólnokształcące.

Po II wojnie światowej powstała w Sejnach również szkoła zawodowa. Początki istnienia Zasadniczej Szkoły Zawodowej sięgają daty 2 kwietnia 1946 r. W tym dniu otwarto Publiczną Dokształcającą Szkołę Zawodową. W pierwszym roku nauki była tylko jedna klasa wstępna, licząca w dniu otwarcia 12 chłopców. Uczyli się oni po południu w gmachu szkoły podstawowej wyłącznie przedmiotów ogólnokształcących.

Po roku nauki było już 47 chłopców i klasa dziewcząt o specjalności krawieckiej. Dziewczęta uczyły się tylko teorii, gdyż na warsztaty krawieckie nie było lokalu. Chłopcy odbywali zajęcia praktyczne w prywatnym warsztacie ślusarskim.

W roku szkolnym 1947/48 została zmieniona nazwa szkoły na Publiczną Średnią Szkołę Zawodową.

Kadra pedagogiczna składała się wówczas z pięciu osób: kierownika szkoły, nauczyciela teorii, księdza prefekta, mistrzyni kroju i nauczyciela zawodu, którym był właściciel warsztatu ślusarskiego.

Warunki pracy i nauki były niezwykle trudne. Niech świadczy fakt, że w warsztacie krawieckim na 22 uczennice było jedno żelazko węglowe, nożyce, linijka i maszyna do szycia. Wszystko to było wypożyczone od osób prywatnych.

W roku szkolnym 1949/50 były już trzy klasy i 63 uczniów. Szkoła otrzymała niewielki budynek mieszczący się obecnie przy ulicy Piłsudskiego, gdzie odbywały się lekcje, zajęcia krawiectwa, a także były sypialnie i stołówka.

26 czerwca 1950 r. szkołę opuścili pierwsi absolwenci w liczbie szesnastu.

Ważnym dniem w życiu szkoły był 10 październik 1950 r., kiedy to szkoła została przeniesiona do dawnego lokalu gimnazjum biskupiego mieszczącego się w klasztorze. Obiekt był zaniedbany, ale posiadał dużo pomieszczeń, jak dla kilkudziesięciu uczniów.

W roku szkolnym 1951/52 było już 5 klas o specjalności ślusarz galanterii metalowej i ślusarz maszyn rolniczych; w tymże roku szkolnym zmieniono nazwę na Zasadniczą Szkołę Metalową, aby po dwóch latach w roku szkolnym 1953/54 zmienić jeszcze raz nazwę szkoły na Zasadniczą Szkołę Mechanizacji Rolnictwa.

Od roku szkolnego 1957/58 okres nauki w szkole zostaje przedłużony z dwóch do trzech lat.

W latach pięćdziesiątych oraz sześćdziesiątych warunki pracy i nauki w ZSMR były trudne. Spowodowane to było brakiem odpowiedniego wyposażenia w pomoce naukowe. Kadra pedagogiczna ówczesnej szkoły cechowała się dużą płynnością. O płynności kadry nauczycielskiej niech świadczy fakt, że w ciągu 11 lat zwolniły się z pracy w szkole 33 osoby. Płynna była również kadra kierownicza. Często zmieniali się dyrektorzy, a jeszcze częściej kierownicy warsztatów, którzy odchodzili przeciętnie co dwa lata. Funkcje kierownika, a następnie dyrektora szkoły, w latach 50-tych pełnili: Piotr Jasionowski i Zygmunt Moraczewski.

Następnie funkcję dyrektora pełnili: p. Romuald Łazarowicz, p. Jan Oskroba (1962-1963), p. mgr inż. Jan Kukawski (1963-1981), p. mgr inż. Janina Granacka-Kozieronek, p. mgr inż. Ryszard Wasilewski (1981-1992), p. mgr inż. Ryszard Grzybowski (1992-2004).

Do 28 września 1970 r. Zasadnicza Szkoła Mechanizacji Rolnictwa mieściła się w barokowym zespole klasztornym z XVII-XVIII wieku. W tym dniu przekazano do użytku ZSMR nowy obiekt, z którego korzysta do dzisiaj.

10 października 1970 r. uczniowie rozpoczęli naukę w nowym obiekcje szkolnym. Dużo pracy i własnego wolnego czasu poświęcił budowie tego obiektu ówczesny dyrektor szkoły mgr inż. Jan Kukawski.

Dzięki jego inicjatywie i zaangażowaniu przy istniejącej ZSMR dnia 1 września 1971 r. powstało 5-letnie Technikum Mechanizacji Rolnictwa i Zasadnicza Szkoła Mechanizacji Upraw Polowych.

W środowisku zaistniała potrzeba dokształcania dorosłych, chcących podwyższać swoje kwalifikacje zawodowe. Wychodząc naprzeciw powyższym potrzebom w 1974 r. utworzone zostało 3-letnie Zaoczne Technikum Mechanizacji Rolnictwa na podbudowie ZSZ.

W 1975 r. powstało 3-letnie stacjonarne Technikum Mechanizacji Rolnictwa na podbudowie ZSZ.

W 1976 r. zostało utworzone 3-letnie Wieczorowe Technikum Rolnicze.

Decyzją Dyrektora Wydziału Rolnictwa, Leśnictwa i Skupu Urzędu Wojewódzkiego w Suwałkach powołany został dnia 1 września 1976 r. Zespół Szkół Rolniczych w Sejnach.

W skład ZSR weszły:

1.    5-letnie TMR na podbudowie szkoły podstawowej,

2.    3-letnie TMR na podbudowie ZSZ,

3.    3-letnie Zaoczne TMR na podbudowie ZSZ,

4.    2-letnie ZSMR na podbudowie szkoły podstawowej,

5.    3-letnie ZSM Upraw Polowych na podbudowie szkoły podstawowej,

6.    2-letnie ZSR na podbudowie szkoły podstawowej.

W 1978 r. do ZSR przyłączono ZSR, a w 1979 r. Przyzakładową ZSMR.

Lata 70-te cechował dynamiczny rozwój szkoły. Wzrosła liczba klas i powstających szkół. Spowodowane to było wyżem demograficznym oraz potrzebą kształcenia w istniejących specjalnościach mechanizacyjnych i rolniczych.

Apogeum stanu liczebnego szkoła osiągnęła w roku szkolnym 1976/77, kiedy to w ZSR pobierało naukę 1111 uczniów i słuchaczy.

Obiekt wybudowany dla potrzeb ZSMR nie spełniał swojej roli w stosunku do ZSR. Wprowadzono wówczas dwuzmianowość nauki.

Opuszczający szkołę absolwenci bez trudu znajdowali zatrudnienie, zarówno w sektorze rolnictwa,  jak i poza nim.

Uczniowie w tym okresie odnosili znaczące sukcesy. Do największych należy zaliczyć:

I miejsce na szczeblu centralnym OwoPiŚW (1975);

I miejsce w Polsce w piłce ręcznej chłopców wśród szkół rolniczych;

czołowe miejsce w kraju w prowadzeniu obozów wędrownych;

znaczące sukcesy w biathlonie.

Szkołę rozsławiła także orkiestra dęta.

Kryzys społeczno-polityczny i gospodarczy w początkach lat 80-tych nie ominął również ZSR.

Od marca 1981 r. szkołą kierowała mgr inż. Janina Granacka, a od września 1982 r. funkcję dyrektora zaczął pełnić mgr inż. Ryszard Wasilewski.

We wrześniu 1992 r. dyrektorem został mgr inż. Ryszard Grzybowski.

W latach 80-tych zmniejszyło się zainteresowanie kształceniem dorosłych. W czerwcu 1985 r. szkołę opuścili ostatni absolwenci Wieczorowego Technikum Rolniczego, a w czerwcu 1988 r. - ostatni rocznik Zaocznego TMR. Zmniejszyła się również liczebność klas stacjonarnych TMR i ZSZ, co spowodowane było niżem demograficznym w tym okresie. Ogólna liczba uczniów od 1984 r. utrzymywała się w granicach ok. 400.

Mimo złożonej sytuacji społeczno-gospodarczej i politycznej, szkoła nadal się rozwijała i doskonaliła proces dydaktyczno-wychowawczo-opiekuńczy.

1 września 1987 r. powstało Liceum Zawodowe o specjalności wiejskie gospodarstwo domowe szkolące - jak żartobliwie mówiono - "żony dla rolników".

W 1992 r. zostało reaktywowane Zaoczne TMR.

Znaczące sukcesy odniosła szkoła w roku 1985, w którym to nasz uczeń został laureatem Olimpiady Wiedzy i Umiejętności Rolniczych, w 1986 r. – dwóch uczniów TMR zostało laureatami tejże olimpiady. W 1994 r., 1995 r. i 1996 r. do zwycięzców OWiUR dołączyli następni uczniowie.

Duże sukcesy odniosła szkoła w Przeglądach Dorobku Kulturalnego Szkół Rolniczych województwa suwalskiego, zdobywając drugie miejsce w 1987 r. i pierwsze miejsce w 1996 r. i w 1997 r. Sukcesy odnosiła również orkiestra dęta, a koło fotograficzne i metaloplastyczne nie miały sobie równych w województwie.

Istotne osiągnięcia mają zespoły taneczne: Ludowy Zespół Artystyczny i Teatr Tańca działający od 1993 r. Ważnym wydarzeniem w życiu szkoły było otwarcie w dniu 11 listopada 1988 r. - w 70. rocznicę odzyskania niepodległości przez Polskę - Izby Pamięci Narodowej i Tradycji Szkoły.

Dzięki kilkuletnim staraniom dyrektora Ryszarda Grzybowskiego w czasie uroczystości 76. rocznicy odzyskania niepodległości w dniu 10 listopada 1994 r. Zespołowi Szkół Rolniczych w Sejnach nadano sztandar i imię Stanisława Staszica – twórcy szkolnictwa zawodowego w Polsce.

1 września 1996 r. powstało 5-letnie stacjonarne Technikum Żywienia i Gospodarstwa Domowego. Od lutego  1999 r. zostało reaktywowane Zaoczne Technikum Mechanizacji Rolnictwa na podbudowie ZSZ, a od września 1999 r. utworzone zostało Liceum Techniczne o profilu ekonomiczno-administracyjnym. Od grudnia 1998 r. szkoła zmieniła nazwę na Zespół Szkół Rolnicze Centrum Kształcenia Ustawicznego. Pod koniec marca 2000 r. dokonano następnej zmiany nazwy na Zespół Szkół Centrum Kształcenia Ustawicznego. Wejście w kształcenie ustawiczne pozwoliło na rozszerzenie oferty edukacyjnej dla środowiska, zarówno w postaci szkół stacjonarnych, jak i różnych dodatkowych form kursowych.

Od września 2002 r. szkoła zmieniła nazwę na Zespół Szkół Techniczno-Rolniczych, utrzymując nadal w swojej strukturze kształcenie ustawiczne.

Od 15 lipca 2004 r. funkcję dyrektora ZSTR w Sejnach objął mgr inż. Henryk Wiesław Wydra.

1 stycznia 2008 r. organem prowadzącym ZSTR zostało Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi.

Od 1 września 2009 r. szkoła ponownie zmieniła nazwę na Zespół Szkół Centrum Kształcenia Rolniczego im. Stanisława Staszica.